PCR digitale per EGFR T790M e C797S: monitoraggio della resistenza sequenziale dopo la terapia TKI

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La resistenza alla terapia diretta da EGFR tende ad arrivare in un ordine prevedibile, e questo test è costruito attorno a quella sequenza.mentre C797S appare dopo che un agente di terza generazione è stato utilizzato contro T790ML'obiettivo di entrambe le sostituzioni in una reazione altamente sensibile trasforma una vaga impressione clinica di progressione in un meccanismo di fuga denominato.

Come funziona

La PCR digitale divide un singolo campione preparato in molte migliaia di partizioni indipendenti prima dell'inizio dell'amplificazione.quindi dopo il ciclo lo strumento conta i compartimenti positivi e applica le statistiche di Poisson per derivare un numero di molecole assoluto senza riferimento a una curva standardLe sonde specifiche degli alleli distinguono la sequenza mutante dall'abbondante sfondo di tipo selvaggio.Questo è importante perché i cloni di fuga spesso rappresentano una piccola frazione del materiale circolante nel momento in cui la progressione diventa clinicamente visibile..

Indicazioni

Il test è adatto ai pazienti in fase di trattamento diretto EGFR, in cui il meccanismo di fuga deve essere identificato prima di scegliere la linea successiva.e tessuto possono essere utilizzati se è possibile ottenere un campione frescoIl sistema supporta anche il campionamento seriale in tutto il trattamento, poiché un conteggio assoluto consente il confronto tra i prelievi piuttosto che un singolo istantaneo.perché la perdita varia, quindi la conferma dei tessuti rimane appropriata quando il quadro clinico non è conforme.

Specifiche e segnalazione

Confirmare il volume sanguigno richiesto, il limite di rilevamento espresso come frazione di allele mutanti e il numero di copie di DNA interrogate per reazione, poiché un basso input degrada silenziosamente la sensibilità.Le relazioni dovrebbero indicare i numeri assoluti di mutanti e di tipi selvatici accanto alla frazione, nominare ciascuna sostituzione separatamente e registrare se l'input è sceso al di sotto della soglia convalidata.

Immagazzinamento e approvvigionamento

Il lavoro plasmatico è regolato dall'orologio: il sangue prelevato in tubi EDTA standard deve raggiungere la separazione entro una breve finestra definita, mantenuta a 2-8°C durante il transito,dal momento che la rottura dei leucociti inonda il campione con il DNA di tipo selvatico e seppellisce il segnaleI tubi di stabilizzazione cellulare estendono questa finestra e valgono la pena di essere utilizzati in reti di raccolta disperse.Gli orari scritti del corriere e gli intervalli di prelievo-separazione documentati sono più importanti qui che per qualsiasi test basato sui tessuti..

Domande frequenti

D: Perché scegliere la PCR digitale rispetto a un pannello di sequenziamento ampio quando si sospetta una resistenza?Quando la domanda è se è presente una sostituzione nota, il conteggio delle partizioni raggiunge un limite di rilevamento inferiore e ritorna più velocemente rispetto alla grande sequenza.Scegliere un pannello largo invece quando la via di fuga è veramente sconosciuta.

D: Cosa implica una scoperta di C797S per la prossima linea di terapia?Indica che si è verificata una fuga al sito di legame preso di mira dagli inibitori di terza generazione, quindi è improbabile che continuare lo stesso agente possa aiutare.Il risultato dovrebbe essere discusso in base alle attuali linee guida di trattamento piuttosto che trattato come istruzioni di prescrizione..

D: Quanto velocemente il plasma deve arrivare al laboratorio per mantenere il DNA circolante utilizzabile?Con la raccolta EDTA standard l'intervallo tra il prelievo e la separazione è misurato in ore, non in giorni.Confirmare la finestra indicata dal fornitore e convalidare il corriere rispetto ad essa prima di impegnare i siti di raccolta al flusso di lavoro.