Test per la mutazione del gene C-KIT: come le varianti dell'esone 9 e dell'esone 11 bloccano il recettore KIT

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Il test di mutazione C-KIT esiste perché un singolo recettore può essere attivato in modo permanente.che cosa fa la proteina KIT mentre il suo meccanismo di controllo è intatto, quali regioni di codifica rompono quel controllo e perché la posizione precisa di una variante cambia il modo in cui un rapporto di laboratorio dovrebbe essere letto.

Come funziona

Il KIT è un recettore di tirosina chinasi di tipo III, normalmente silenzioso fino a quando il fattore delle cellule staminali non si lega alla sua porzione extracellulare.disegnando due molecole di recettori insieme in modo che i loro domini cinasi interni possano fosforilare l'uno l'altro e passare un segnale verso l'internoIl segmento di giuxtamembrana codificato dall'esone 11 si comporta come un freno incorporato, ripiegandosi per tenere la chinasi in una forma autoinibita.Quindi l'accoppiamento e la fosforilazione avvengono senza la presenza di alcun ligando.L'esone 9 codifica parte dell'interfaccia di accoppiamento extracellulare e le duplicazioni imitano una forma occupata da ligando.Le varianti che si trovano negli esoni 13 e 17 si trovano vicino alla tasca ATP e al circuito di attivazioneL'analisi amplifica queste regioni del DNA tumorale e le sequenzi, in modo che il rapporto finito non nomini solo una mutazione ma l'elemento strutturale che ha fallito.

Indicazioni

Il test è richiesto sul tessuto tumorale se si sospetta una lesione causata dal KIT, più spesso un tumore dello stroma gastrointestinale, e conferma il driver molecolare localizzandolo in un esone definito.Perché gli esoni separati disturbano parti separate del recettore, la risoluzione a livello di esoni è l'uscita significativa piuttosto che una semplice chiamata positiva o negativa.

Specifiche e segnalazione

Il materiale d'ingresso è di solito un blocco di paraffina fissato in formalina o un tessuto tumorale fresco con una cellarità adeguata.quindi segnalare i risultati nella nomenclatura standard HGVS insieme all'esone, la variazione proteica prevista e la frazione dell' allele variante.Un rapporto completo indica anche il limite di rilevazione e segnala i casi in cui il contenuto tumorale era troppo basso per supportare una conclusione negativa sicura..

Immagazzinamento e approvvigionamento

I blocchi di paraffina rimangono stabili a temperatura ambiente controllata, mentre il DNA estratto viene mantenuto a -20 ° C o più freddo per limitare la frammentazione in esecuzioni ripetute.Gli acquirenti che organizzano test in diversi ospedali dovrebbero confermare i formati di campione accettatiIl tempo di fissazione è la variabile che più spesso rovina la qualità del sequenziamento,quindi appartiene all'interno dell'accordo di trattamento dei campioni piuttosto che essere lasciato ai singoli siti di raccolta.

Domande frequenti

D: Quali esoni del KIT devono essere coperti da una relazione meccanicistica e perché la posizione dell'esone è importante?Gli esoni 9, 11, 13 e 17 si mappano su elementi strutturali distinti: l'interfaccia di accoppiamento, il freno della giuxtamembra, la tasca ATP e il circuito di attivazione.Il nome dell' esone dice al lettore quale meccanismo di controllo si è rotto, informazioni che un semplice risultato positivo non può portare.

D: In che modo il laboratorio distingue un vero driver di attivazione da una variante accidentale?L'interpretazione combina la posizione della variante all'interno di un punto caldo di attivazione caratterizzato, la sua frazione allelea relativa al contenuto tumorale stimato e le prove funzionali pubblicate.Le varianti al di fuori delle regioni caratterizzate sono normalmente segnalate come incerte invece di essere considerate come attivanti..

D: In quale condizione il campione conserva al meglio il DNA del KIT per il sequenziamento?La fissazione breve e controllata della formalina seguita da un'incorporazione rapida di paraffina conserva frammenti amplificabili.La fissazione prolungata o i campioni decalcificati degradano il DNA e aumentano la probabilità di una corsa non informativa..